Penggantian satu atau lebih asam amino dalam protein yang terjadi secara alami atau yang diinduksi secara eksperimental dengan yang lain. Jika asam amino ekuivalen fungsional diganti, protein dapat mempertahankan aktivitas tipe liar. Substitusi juga dapat mengurangi atau menghilangkan fungsi protein. Substitusi yang diinduksi secara eksperimental sering digunakan untuk mempelajari aktivitas enzim dan sifat situs pengikatan.