DF: RNA biasanya dibuat dengan transkripsi dari DNA kloning, yang melengkapi mRNA atau DNA spesifik dan umumnya digunakan untuk studi gen virus, distribusi RNA spesifik dalam jaringan dan sel, integrasi DNA virus ke dalam genom, transkripsi, dll. Sedangkan probe DNA lebih disukai untuk digunakan pada tingkat yang lebih makroskopik untuk mendeteksi keberadaan DNA/RNA dari spesies atau subspesies tertentu, probe RNA lebih disukai untuk studi genetik.