Η φυσική ή πειραματικά επαγόμενη αντικατάσταση ενός ή περισσότερων αμινοξέων σε μια πρωτεΐνη με ένα άλλο. Εάν ένα λειτουργικά ισοδύναμο αμινοξύ είναι υποκατεστημένο, η πρωτεΐνη μπορεί να διατηρήσει δραστηριότητα άγριου τύπου. Η υποκατάσταση μπορεί επίσης να μειώσει ή να εξαλείψει τη λειτουργία των πρωτεϊνών. Η πειραματικά επαγόμενη υποκατάσταση χρησιμοποιείται συχνά για τη μελέτη της ενζυμικής δραστηριότητας και των ιδιοτήτων της θέσης δέσμευσης.