Πρωτεάσες που περιέχουν πρωτεολυτικές περιοχές πυρήνα και ρυθμιστικές περιοχές που περιέχουν ATPase. Συνήθως αποτελούνται από μεγάλα συγκροτήματα πολλαπλών υπομονάδων. Οι περιοχές μπορούν να εμφανίζονται μέσα σε μια μοναδική πεπτιδική αλυσίδα ή σε διακριτές υπομονάδες.