Remplacement naturel ou induit expérimentalement d'un ou plusieurs acides aminés d'une protéine par une autre. Si un acide aminé fonctionnellement équivalent est substitué, la protéine peut conserver une activité de type sauvage. La substitution peut également diminuer ou éliminer la fonction protéique. La substitution induite expérimentalement est souvent utilisée pour étudier les activités enzymatiques et les propriétés du site de liaison.