एक प्रोटीन में एक या एक से अधिक अमीनो एसिड का दूसरे के साथ स्वाभाविक रूप से होने वाला या प्रयोगात्मक रूप से प्रेरित प्रतिस्थापन। यदि कार्यात्मक रूप से समतुल्य अमीनो एसिड को प्रतिस्थापित किया जाता है, तो प्रोटीन जंगली-प्रकार की गतिविधि को बनाए रख सकता है। प्रतिस्थापन प्रोटीन कार्य को कम या समाप्त भी कर सकता है। प्रायोगिक रूप से प्रेरित प्रतिस्थापन अक्सर एंजाइम गतिविधियों और बाध्यकारी साइट गुणों का अध्ययन करने के लिए उपयोग किया जाता है।