โปรตีเอสที่มีโดเมนหลักของโปรตีนและโดเมนควบคุมที่มี ATPase โดยปกติจะประกอบด้วยแอสเซมบลีหลายหน่วยย่อยขนาดใหญ่ โดเมนสามารถเกิดขึ้นภายในสายโซ่เพปไทด์เดียวหรือในหน่วยย่อยที่แตกต่างกัน