แอนติเจนของไวรัสที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับอนุภาคของไวรัส เป็นโปรตีนในธรรมชาติ มีแอนติเจนหลายตัว และมีความจำเพาะต่อสายพันธุ์ แอนติบอดีต่อแอนติเจนดังกล่าวแสดงให้เห็นได้ว่าเป็นแอนติบอดีที่ใช้ป้องกันหรือทำให้เป็นกลาง เช่น การคาดคะเนของเฮแมกกลูตินินบนพื้นผิวของไวรัสไข้หวัดใหญ่