ਪ੍ਰੋਟੀਜ਼ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋਟੀਓਲਾਈਟਿਕ ਕੋਰ ਡੋਮੇਨ ਅਤੇ ATPase-ਰੱਖਣ ਵਾਲੇ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਡੋਮੇਨ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਉਹ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਡੀਆਂ ਬਹੁ-ਸਬਿਊਨਿਟ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਦੇ ਬਣੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਡੋਮੇਨ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਪੇਪਟਾਇਡ ਚੇਨ ਦੇ ਅੰਦਰ ਜਾਂ ਵੱਖਰੇ ਸਬਯੂਨਿਟਾਂ ਵਿੱਚ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ।