A substituição natural ou induzida experimentalmente de um ou mais aminoácidos em uma proteína por outra. Se um aminoácido funcionalmente equivalente for substituído, a proteína pode reter a atividade do tipo selvagem. A substituição também pode diminuir ou eliminar a função da proteína. A substituição induzida experimentalmente é frequentemente usada para estudar as atividades enzimáticas e as propriedades do sítio de ligação.