Penggantian satu atau lebih asid amino dalam protein dengan yang lain secara semula jadi atau akibat eksperimen. Jika asid amino yang setara secara berfungsi digantikan, protein mungkin mengekalkan aktiviti jenis liar. Penggantian juga boleh mengurangkan atau menghapuskan fungsi protein. Penggantian teraruh secara eksperimen sering digunakan untuk mengkaji aktiviti enzim dan sifat tapak mengikat.