Teknik sitofluorimetri berasaskan mikroskop pengimbasan untuk membuat pengukuran pendarfluor dan analisis topografi pada sel individu. Laser digunakan untuk merangsang fluorokrom dalam spesimen selular berlabel. Pendarfluor dikesan dalam pelbagai panjang gelombang diskret dan data lokasi diproses untuk menilai secara kuantitatif APOPTOSIS; PLOIDIES; percambahan sel; EKSPRESI GEN; PENGANGKUTAN PROTEIN; dan proses selular lain.