La sostituzione naturale o indotta sperimentalmente di uno o più amminoacidi in una proteina con un altro. Se viene sostituito un amminoacido funzionalmente equivalente, la proteina può mantenere l'attività di tipo selvaggio. La sostituzione può anche diminuire o eliminare la funzione proteica. La sostituzione indotta sperimentalmente viene spesso utilizzata per studiare le attività enzimatiche e le proprietà del sito di legame.