Der natürlich vorkommende oder experimentell induzierte Austausch einer oder mehrerer Aminosäuren in einem Protein durch ein anderes. Wenn eine funktionell äquivalente Aminosäure ersetzt wird, kann das Protein die Wildtyp-Aktivität beibehalten. Eine Substitution kann auch die Proteinfunktion verringern oder eliminieren. Experimentell induzierte Substitution wird häufig verwendet, um Enzymaktivitäten und Bindungsstelleneigenschaften zu untersuchen.